Edifiée au XIIème siècle, elle est classée à l’inventaire des monuments historiques depuis 1926.

L’église Saint-Thomas s’appelait au départ Saint Etienne. Et elle a été victime de nombreux remaniements qui ont altéré le style roman originel encore visible dans la nef.
Aujourd’hui, seul le chœur est d’époque. Le portail est de style Louis XIV et la façade a été refaite au XIXème siècle.

Le nom de l’église vient du passage à Touques de Thomas Becket, conseiller du roi et archevêque de Canterbury. Il a vécu en France comme moine pendant 6 années et a été assassiné dans sa cathédrale un mois après son retour en Angleterre le 29 décembre 1170. Il sera canonisé en 1173 et les habitants de Touques placeront leur église sous sa protection.